Wenn bei 39.000 km eine Wartung durchgeführt wurde, wird der Wagen nach 6.000 km definitiv keine weitere anzeigen. Die Intervalle sind entweder nach Kilometern oder nach Zeit, aber immer in Relation zur letzten Wartung und hängen nicht mit der Laufleistung des Fahrzeugs zusammen.
Ich würde bei der Rückgabe definitiv nicht auf verpasste Wartungsintervalle hinweisen. Danken wird dir das mit Sicherheit niemand.
Für nicht vertragsgerecht durchgeführte Wartungen kann man dir eine Wertminderung anlasten. Inwiefern bei Jeep die Höhe dieser Wertminderung schon im Leasingvertrag steht, müsstest du selbst mal schauen.
Dass das Auto die Wartung nicht angezeigt hat, kannst du argumentativ ins Feld führen. Letztlich liegt die Verantwortung aber bei dir und ob das ggf. in einem Rechtsstreit zu deinen Gunsten ausgeht, ist sehr fraglich.